Pembentukan karakter menjadi bagian penting dalam proses pendidikan di Sekolah Indonesia Tokyo. Nilai disiplin, tanggung jawab, dan integritas ditanamkan sejak dini melalui pembelajaran dan kegiatan sekolah.
Program pembinaan dirancang untuk membangun sikap positif dan kepedulian sosial. Dengan pendekatan ini, siswa diharapkan tumbuh menjadi pribadi yang tidak hanya cerdas, tetapi juga berakhlak dan berkarakter kuat.