Sekolah Indonesia Tokyo mempersiapkan siswa SMA untuk melanjutkan pendidikan ke perguruan tinggi. Pendalaman materi dan bimbingan akademik diberikan secara sistematis.
Sekolah juga memberikan arahan terkait pilihan studi dan peluang pendidikan di Indonesia maupun luar negeri. Dengan dukungan ini, lulusan diharapkan siap bersaing secara global.