Meskipun berada di Jepang, Sekolah Indonesia Tokyo tetap menjaga dan melestarikan budaya Indonesia. Berbagai kegiatan kebudayaan rutin dilaksanakan untuk memperkuat identitas nasional siswa.
Melalui peringatan hari besar nasional dan pertunjukan seni, siswa belajar mencintai tanah air. Sekolah menjadi ruang yang mempererat rasa kebangsaan di perantauan.
